「労働基準監督署から調査の連絡が来た」「是正勧告書を受け取った」。
このようなとき、会社は何から対応すればよいのでしょうか。
厚生労働省が令和８年９月１５日に公表した令和７年度の監督指導結果では、長時間労働が疑われる２万９１５０事業場のうち、１万１２２８事業場（３８．５％）で違法な時間外労働が確認されました。もっとも、これは長時間労働が疑われる事業場に対象を絞った監督指導の結果であり、全企業の違反割合を示すものではありません。
詳細は厚生労働省の公表資料をご参照ください（https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_76158.html）。
労働基準監督署（以下「労基署」といいます。）の調査を受けたときに大切なのは、実際の勤務状況を確認し、必要な改善につなげることです。
そこで、今回は、労基署の調査への対応から是正報告まで、会社側が押さえておきたいポイントについて解説します。
【目次】
１ 労基署の調査は、どのように行われるのか
２ まずは資料を保全し、事実を確認する
３ 長時間労働の調査で確認したい５つのポイント
４ 是正勧告書を受け取ったら、内容と期限を確認する
５ 是正報告では、実施した改善を具体的に示す
６ 送検の可能性
７ まとめ
８ 当事務所の労務対応に関する弁護士費用
１ 労基署の調査は、どのように行われるのか
労基署は、定期的な監督や労働者からの申告などを契機として、労働時間や賃金等について調査を行います。予告のない立入調査のほか、会社の担当者に来署を求めて事情を確認する場合もあります（厚生労働省「確かめよう労働条件」労働基準監督官の仕事 https://www.check-roudou.mhlw.go.jp/law/kantokukan.html）。
労働基準法第１０１条第１項は、「労働基準監督官は、事業場、寄宿舎その他の附属建設物に臨検し、帳簿及び書類の提出を求め、又は使用者若しくは労働者に対して尋問を行うことができる。」と規定しています。
臨検を拒んだり、妨げたり、忌避したりすること、尋問に答えなかったり虚偽の陳述をしたりすること、帳簿書類を提出しなかったり虚偽の記載をした帳簿書類を提出したりすることには、３０万円以下の罰金が定められています（労働基準法第１２０条第４号）。
図1 会社の基本対応フロー
２ まずは資料を保全し、事実を確認する
事前に連絡があった場合は、調査日時、対象期間、求められた資料を確認し、対応担当者を決めます。勤怠記録、賃金台帳、労働条件通知書・雇用契約書、就業規則、３６協定等を整理しましょう。
記録を実態と異なる内容に書き換えてはいけません。入退館記録やパソコンの使用記録も保全してください。勤怠記録の誤りを訂正する場合は、元の記録を残した上で、訂正の理由を記録しておきましょう。
調査当日は、確認済みの事実と未確認の事項を分けて説明します。その場で確認できない事項は、資料を調べて回答する旨を伝え、回答方法・時期を確認してください。提出資料の控えや、質問・回答の記録も残しておきます。
なお、労働基準法第１０４条第２項は、労働者が労基署に申告したことを理由として、解雇その他不利益な取扱いをすることを禁止しています。違反すると、６か月以下の拘禁刑又は３０万円以下の罰金の対象となります（同法第１１９条第１号）。会社としては、申告した従業員を探したり責任を問うたりするのではなく、勤務実態の確認と改善に取り組む必要があります。
３ 長時間労働の調査で確認したい５つのポイント
⑴ 労働時間を正しく記録しているか
労働時間は、使用者が直接確認するか、タイムカード等の客観的な記録を基礎として把握するのが原則です。自己申告と入退館記録等との間に著しい乖離があれば、実態を調査し、必要に応じて補正します。
もっとも、パソコンの使用時間が全て労働時間になるわけではありません。業務内容や指示の有無を確認し、実際に会社の指揮命令下で働いていた時間を把握することが重要です。
詳細は、厚生労働省「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」のリーフレットをご参照ください（https://www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-11200000-Roudoukijunkyoku/0000187488.pdf）。
⑵ ３６協定と上限規制を守っているか
法定時間外労働・法定休日労働をさせる場合は、原則として、労使で３６協定（時間外・休日労働に関する協定）を締結し、事前に労基署へ届け出る必要があります。時間外労働の一般的な上限は月４５時間・年３６０時間です（労働基準法第３６条第４項）。
特別条項を使えるのは、通常予見することのできない業務量の大幅な増加など、臨時的な特別の事情がある場合です。その場合でも、時間外労働は年７２０時間以内とされ、月４５時間を超えることができるのは年６か月までです（同条第５項）。
また、特別条項の有無にかかわらず、時間外労働と法定休日労働の合計は月１００時間未満、連続する２か月ないし６か月の各平均は８０時間以内でなければなりません（同条第６項）。
法律の上限内であっても、協定で定めた時間や手続を守る必要があります。変形労働時間制や自動車運転の業務などには特則があるため、自社に適用される基準を確認してください。
⑶ 割増賃金を正しく支払っているか
固定残業代については、通常の労働時間の賃金に当たる部分と割増賃金に当たる部分とを区別できることが必要です。また、固定残業代が法定の計算額を下回る場合は、不足分の支払いも必要となります（厚生労働省「スタートアップ労働条件」Q&A https://www.startup-roudou.mhlw.go.jp/qa/zigyonushi/chingin/q11.html）。
月６０時間を超える法定時間外労働の部分には、５０％以上の割増率が適用されます（労働基準法第３７条第１項ただし書）。令和５年４月からは、中小企業にもこの割増率が適用されています。「毎月定額を払っているから大丈夫」と判断せず、実際の労働時間に基づいて計算しましょう。
⑷ 健康確保措置を実施しているか
一般の労働者については、休憩時間を除き１週間当たり４０時間を超えて働いた時間が月８０時間を超え、疲労の蓄積が認められる場合、本人の申出に応じて医師による面接指導を行う義務があります（労働安全衛生法第６６条の８第１項、労働安全衛生規則第５２条の２第１項、第５２条の３）。
また、この時間数が月８０時間を超えた労働者に対しては、面接指導の申出の有無にかかわらず、速やかにその時間数に関する情報を通知する義務もあります（労働安全衛生規則第５２条の２第３項）。
なお、令和８年９月１日からは、時間外・休日労働の時間数のみに着目して月４５時間以内への削減を一律に求める指導が見直され、３６協定で定めた健康・福祉確保措置の実施状況を重点的に確認する運用となっています。
ここでいう健康・福祉確保措置とは、限度時間を超えて働かせる労働者のために、特別条項付きの３６協定で定める措置をいいます（労働基準法施行規則第１７条第１項第５号）。会社は、その実施状況の記録を、協定の有効期間中とその満了後３年間保存しなければなりません（同条第２項、附則第７１条）。
ただし、法定の上限規制がなくなったわけではなく、過重労働による健康障害が生じるおそれが高い場合には、引き続き必要な指導が行われます。
詳細は、厚生労働省の公表資料をご参照ください（https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_75454.html）。
⑸ 就業規則と実際の運用が一致しているか
休憩時間に電話当番をさせていないか、残業申請の制度が過少申告につながっていないかを確認します。社内で残業を承認していなくても、実際の指示や働き方によっては労働時間に当たります。規則上の扱いだけで判断しないようにしてください。
図2 会社が確認したい５つのポイント
４ 是正勧告書を受け取ったら、内容と期限を確認する
是正勧告は、監督指導の中で行われる行政指導であり、法令違反の是正を求めるものです。是正勧告書を受け取っただけで、罰金が科されたり前科が付いたりするわけではありません。また、法令違反の指摘とは別に、改善を求める「指導票」が交付される場合もあります。
受け取った書面については、違反とされた条文、具体的な指摘事項、是正期日を確認します。対象者・対象期間や計算根拠が不明な場合は、担当の監督官に確認してください。
指摘に異論がある場合は、根拠資料を示して会社の認識を説明します。改善が必要な事項と、事実確認や法的検討が必要な事項とを分けて整理します。
５ 是正報告では、実施した改善を具体的に示す
是正報告書に法定の統一様式はありません。指摘事項ごとに、いつ、何を改善したかを記載します。未払残業代であれば再計算表と支払記録、労働時間管理であれば変更した管理方法と運用後の記録など、対応内容が分かる資料を添えるとよいでしょう（福井労働局「是正報告書」 https://jsite.mhlw.go.jp/fukui-roudoukyoku/newpage_00213.html）。
期限に間に合わない見込みであれば、期限前に担当の監督官へ連絡し、理由、実施済みの措置、残る対応と予定日を説明して相談します。ただし、相談しただけで期限が延びたり、違反状態を続けてよいことになったりするわけではありません。
報告に当たっては、改善予定の事項と実施済みの措置とを明確に分けてください。なお、労働基準法第１０４条の２に基づく報告を求められた場合、報告をしなかったり虚偽の報告をしたりすると、別途罰則があります（同法第１２０条第５号）。
報告後も、業務分担や人員配置を見直し、改善策が現場で継続されているかを点検することが大切です。
６ 送検の可能性
是正勧告に従わないこと自体を処罰する規定はありません。しかし、背景にある法令違反については、重大・悪質な事案等では捜査・送検の対象となります（前掲「労働基準監督官の仕事」）。
労働基準法の罰則は、違反の事実そのものに科されるもので、是正勧告を受けたことやそれに従わなかったことは要件ではありません。また、労働基準監督官は、労働基準法違反の罪について司法警察官の職務を行う（同法第１０２条）ため、自ら捜査をして事件を検察庁に送ることができます。
違法な時間外労働や割増賃金の不払いについては、６か月以下の拘禁刑又は３０万円以下の罰金が定められています（労働基準法第１１９条第１号）。ただし、送検されたことと有罪になることとは別の問題です。
図3 監督指導と刑事手続の関係
７ まとめ
労基署の調査や是正勧告を受けたときは、記録を書き換えずに保全し、実際の勤務状況を確かめた上で、指摘事項ごとに改善と報告を進めることが基本です。
監督指導への対応だけでなく、従業員への未払賃金の支払いや、刑事事件化への対応についても検討が必要です。未払残業代の金額が大きい場合、労働時間の認定に争いがある場合、刑事事件化が懸念される場合には、早めに弁護士へ相談することをおすすめします。
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８ 当事務所の労務対応に関する弁護士費用
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